Situati a Parigi presso il Pont Neuf, tra Notre-Dame e il Louvre, ebbero quale primo nucleo una bottega di cravatte fondata nel 1869 da Ernest Cognacq e sua moglie Louise Jay, già capo reparto confezioni al Bon Marché. In seguito alla continua crescita dell'attività, cui corrisposero successivi ampliamenti, il negozio diede vita nel 1900 ai Grands Magasins de La Samaritaine.
Tra il 1903 e il 1907 la sede fu oggetto di un importante intervento di ristrutturazione ad opera dell'architetto Frantz Jourdain e acquisì un aspetto improntato ai principi dell'Art Nouveau (nell'immagine). Altri ingrandimenti, che continuarono per circa trent'anni, portarono nel 1933 agli attuali grandi magazzini di 10 piani, ispirati all'Art Déco su progetto di Henri Sauvage.
Solo verso il 1990 i Magazzini conobbero un periodo di crisi, che comportò una riduzione della superificie. Nel 2001 la Samaritaine entrò a far parte del gruppo LVMH, che aveva precedentemente acquisito anche i magazzini del Bon Marché.